Order 66 was het meest beruchte bevel dat werd gegeven in Star Wars geschiedenis, het einde van de Galactische Republiek en het begin van de bijna ineenstorting van de Jedi Order. Terwijl Clone troopers werden gedwongen om Order 66 te gehoorzamen vanwege de biochips die in hen in canon waren geïmplanteerd, de Karen Traviss' Legenden serie Republiek Commando schildert een veel donkerder portret van de uitvoering ervan.
De Republiek Commando serie toont Order 66 als een commando dat alle Clone troopers werd geleerd, in plaats van een commando dat ze moesten gehoorzamen. Op het eerste gezicht leek de Orde volkomen redelijk, omdat het oorspronkelijk door Sifo-Dyas was gemaakt als een manier om malafide Jedi die tegen de Republiek ingingen, neer te halen. Dit bevel stond ook hoger dan Bevel 65, dat bedoeld was om de Opperste Kanselier neer te halen als zich een soortgelijk probleem voordeed.
In Republiek Commando: Ware kleuren, Bevel 66 wordt als volgt beschreven: 'In het geval dat Jedi-officieren handelen tegen de belangen van de Republiek, en na ontvangst van specifieke bevelen waarvan is vastgesteld dat ze rechtstreeks afkomstig zijn van de opperbevelhebber (kanselier), zullen GAR-commandanten die officieren met dodelijk geweld verwijderen en het commando van de GAR zal terugkeren naar de Supreme Commander (Chancellor) totdat er een nieuwe commandostructuur is ingesteld.'
Traviss toont de meedogenloze realiteit van de Clone Wars, die voor veel spanning zorgde tussen Clone troopers en hun Jedi-commandanten. In wezen gefokt als soldaat-slaven voor de Republiek, was het leven van een Clone trooper in wezen gelijk aan dat van een droid. Hun versnelde verouderingsproces zorgde ervoor dat Clone-troopers nooit een bevredigend leven zouden bereiken buiten de strijd, ook al waren Clones biologisch identiek aan mensen en in staat tot biologische reproductie. Klonen waren ook in staat tot een volledig scala aan menselijke emoties, wat innerlijke onrust veroorzaakte met betrekking tot hun korte bestaan.
Veel Clone-troopers werden ook moe naarmate de oorlog voortduurde, omdat ze werden gedwongen hun broeders te zien vallen in de strijd. Republiek Commando: Order 66 details Delta Squad Commando Scorch' innerlijke frustraties over dit verlies aan mensenlevens, als hij de namen hoort van duizenden gevallen Clone-troopers. 'Scorch kon nu niet de helft van de squadrons in zijn groep in het Tipoca-trainingscentrum noemen, laat staan de mannen erin. Hij schaamde zich, alsof hij ze had verraden', staat er in de passage. Terwijl de oorlog voortduurde, begonnen veel Clone-troopers de Jedi kwalijk te nemen vanwege deze slachtoffers, en stelden zelfs hun bekwaamheid in twijfel.
De houding van de Jedi ten opzichte van Clone troopers was niet beter, omdat ze ze alleen als wegwerpartikelen zagen. Ze stonden vooral onverschillig tegenover Clone-commando's, die ze beschouwden als door de staat gesanctioneerde premiejagers voor de Republiek. Ondanks hun onverschilligheid tegenover deze squadrons, begrepen de Jedi hun noodzaak in de oorlog. 'Dat is het probleem met intelligente klonen die worden getraind door een lappendeken van ongedisciplineerde schurken - ze zijn op zijn best eigenzinnig, in het slechtste geval ongehoorzaam gebleken. Maar ze zullen waarschijnlijk de oorlog voor ons winnen. Tolereer ze,' legde Jedi-meester en directeur van de Special Forces-generaal Arligan Zey uit in: Republiek Commando: Triple Zero .
Als gevolg van deze gedeelde ontevredenheid was het voor veel Clone-troopers niet moeilijk om hun wapens op hun voormalige commandanten te richten, maar er bleven een paar opmerkelijke uitschieters over. Ion Team, dat geleid werd door Kapitein Climber, negeerde niet alleen het bevel, ze richtten hun wapens op de troepen van commandant Salvo die probeerden een groep Jedi in een hinderlaag te lokken. Andere Clone-squadrons, zoals Omega Squad, Delta Squad en Ordo Skirata, negeerden het bevel ook, maar veinsden naleving om verdenking van het rijk te voorkomen. Terwijl klonen in die laatste squadrons zwakke relaties hadden met de Jedi, waren ze veel sceptischer over Palpatine die nieuwe Centax-klonen onthulde die normaal ouder werden.
Terwijl canon de Clones hun schuld ontneemt in de uitvoering van Order 66, Legenden confronteert hun verraad frontaal. Deze genuanceerde weergave van Order 66 is donkerder dan canon, maar Republiek Commando geeft diepte aan de uitvoering ervan door de Clone-daders en hun lijden te vermenselijken.
