De X-Men strips bevatten veel verschillende verhalen en teams samenwerken om de wereld te beschermen tegen verschillende bedreigingen. Echter, na tientallen jaren publicatie, zullen problemen die de continuïteit van de franchise in twijfel trekken, bijna gegarandeerd opduiken. Hetzelfde kan van toepassing zijn op de X-Men films uitgebracht van 2000 tot 2020, vooral met een bepaalde scène uit 2006 X-Men: The Last Stand.
In de film wordt Professor X (gespeeld door Patrick Stewart) gedwongen zijn grootste fout onder ogen te zien in de vorm van Jean Gray (gespeeld door Famke Janssen) en haar transformatie in de Dark Phoenix. Na jarenlang Jeans onoverkomelijke psychische kracht op afstand te hebben gehouden, manifesteerden ze zich als een duistere persoonlijkheid die haar komische tegenhanger weerspiegelde. Een enorm verschil tussen de twee doet zich halverwege voor the Het laatste verzet , echter: Jean doodt de professor in haar ouderlijk huis. Het publiek dacht dat dit het einde betekende voor Professor X, maar zijn verhaal eindigde daar niet.
Van alle ongewone plotwendingen die de X-Men films aangeboden, de meest mysterieuze was weggestopt in een scène na de aftiteling in Het laatste verzet , waaruit bleek dat de professor het overleefde door zijn bewustzijn over te brengen naar de geest van een comateuze man. Dr. Moira MacTaggert (gespeeld door Olivia Williams) ontdekte het geheim achter de overleving van Professor X. Terwijl een regel eerder in de film het idee uitlegde, wordt het mysterie van Xavier's terugkeer nooit volledig uitgelegd of zelfs genoemd in volgende films.
Het publiek zou Charles Xavier pas in 2013 weer zien De veelvraat in een scène na de aftiteling. In deze reeks kwam Logan oog in oog te staan met de professor en vroeg hoe hij het overleefde. Charles reageerde met een terugbelverzoek naar de eerste X-Men-film, onder vermelding van: '[Je bent] niet de enige met geschenken.' Die enige verklaring zou jarenlang de enige verklaring zijn voor zijn opstanding.
Voordat Stewart zijn rol als professor nog een laatste keer hernam in Logan , hij verscheen in 2014's X-Men: Days of Future Past , die ook de terugkeer liet zien van veel klassieke castleden die in een niet zo verre toekomst tegen de Sentinels vochten. Veel fans speculeerden dat Professor X op een gegeven moment zijn terugkeer naar de anderen buiten het scherm uitlegde, omdat geen van de cast zijn terugkeer van een bijna zekere dood in twijfel trok.
Hoewel er nog steeds veel theorieën rondzweven in de fandom, op zoek naar alternatieve manieren waarop Charles zou kunnen zijn teruggekeerd, is de belangrijkste verklaring dat de professor op zichzelf leek ondanks dat hij een ander lichaam had, omdat de comateuze man zijn tweelingbroer was. Voor zijn dood had Xavier zijn bewustzijn overgebracht naar dit andere lichaam. Zijn fysieke mogelijkheden blijven hetzelfde, want hoewel hij een nieuw lichaam had, waren zijn beenspieren waarschijnlijk sterk geatrofieerd. Hoewel deze uitleg qua plot niet de meest luchtdichte is, lijkt een regel die het proces eerder in de film vermeldt, de theorie te ondersteunen.
Helaas, een van de grootste mysteries in de X-Men films - die van de opstanding van professor X na te zijn vermoord door Dark Phoenix - kregen nooit de grootse uitleg die het verdiende. In plaats daarvan werd het als een gegeven beschouwd dat het publiek niet te diep naar het mysterie zou kijken. Nu Marvel Studios de rechten heeft, is er hoop dat hun volgende uitje op groot scherm veel minder losse plotthreads zal hebben.
