WAARSCHUWING: het volgende artikel bevat spoilers voor: Dagen voorbij .
Na ongeveer 40 uur gameplay om het hoofdverhaal te voltooien, zullen veel gamers hun controllers opzij leggen en vertrekken Dagen voorbij voor goed . Ander zal een geheel nieuw opslagbestand opstarten. Degenen die echter doorgaan met spelen na de aftiteling, worden beloond met een geheim einde, een die enorme gevolgen heeft.
Zodra de laatste missie voorbij is en Wizard Island is vernietigd, is de open-wereldkaart van het spel nog steeds beschikbaar om te zwerven. Van daaruit kunnen spelers alle resterende nevendoelen voltooien, zoals Freaker Hordes of NERO-onderzoekssites. Na een tijdje ontvangt de speler een radiobericht van NERO-onderzoeker James O'Brian, die de speler zal vragen hem te ontmoeten.
Wanneer hoofdrolspeler Deacon St. John O'Brian ontmoet op de oude begraafplaats, worden de dingen gek. In de proloog ontmoet de speler O'Brian, die een full-body hazmat-pak en een helm met een transparant scherm draagt. Hier is zijn gezicht zichtbaar. Gedurende de rest van het spel is het masker van O'Brian echter getint, wat betekent dat Deek zijn gezicht niet kan zien.
De reden hiervoor wordt pas onthuld in het filmpje van het geheime einde: O'Brian is geïnfecteerd. Uiteindelijk doet hij zijn masker af en onthult een griezelig, vasculair gezicht, waardoor Deacon terugdeinst. O'Brian legt uit dat het virus dat de Freakers heeft gecreëerd snel evolueert en zich nu in een stadium bevindt waarin het het lymfestelsel (dat het lichaam helpt beschermen tegen ziekte en infectie) van niet-geïnfecteerde mensen kan binnendringen. Hij onthult ook dat de hogere mensen bij NERO dit al een tijdje weten en waarschuwt Deacon dat ze eraan komen. O'Brian vertrekt en springt met onmenselijke kracht en behendigheid in een helikopter.
Dit filmpje laat zien dat deze nieuwe stam van het virus een geheel nieuwe vorm van Freaker creëert, een die de cognitieve functies van een mens handhaaft, maar de kracht, snelheid en agressie bezit van de wezens die Deacon de hele tijd bestrijdt. Dagen voorbij . Sterker nog, op verschillende punten in deze scène maakt O'Brian's lichaam schijnbaar onwillekeurige schokken, en hij doet zelfs verschillende stappen in de richting van Deek voordat hij zich verontschuldigt. Hoewel het nooit expliciet wordt vermeld, lijkt het erop dat de O'Brian weerstand biedt aan de biologische aanvalsdrang die door het virus wordt veroorzaakt.
Het is duidelijk dat deze scène bedoeld was om de deur een tijdje open te laten Dagen voorbij vervolg , iets dat er nu uitziet alsof het nooit zal gebeuren. In plaats van het optimistische einde van Deek die met Sarah de zonsondergang in reed, eindigde deze wending het spel op een donkerdere, meer dreigende toon. De nieuwe vorm van Freaker die via O'Brian werd geïntroduceerd, zou in een tweede game een formidabele vijand zijn geworden, die zeker zou zijn gevolgd door Deacon's inspanningen om de waarheid over NERO's link met het virus te ontdekken.
Het is vermeldenswaard dat, hoewel NERO prominent aanwezig is in Dagen voorbij , Deacon vecht eigenlijk nooit tegen hen. In de missies waarin ze voorkomen, kan Deek alleen rond de soldaten en onderzoekers sluipen, omdat het spel duidelijk maakt dat hun pakken te sterk zijn om door te snijden of door te schieten. Een vervolg zou NERO waarschijnlijk tot de belangrijkste antagonist hebben gemaakt, waarbij Deacon en het bedrijf het hoofd moesten bieden aan hen. Maar zoals de zaken er nu voorstaan, is dit een verhaal dat onverteld zal blijven.
