Tijdens de laatste dagen van de Republiek, Star Wars universum kreeg een enorme klap toegebracht aan de lichte kant van de Force. In één snel commando activeerde keizer Palpatine Order 66. Het protocol werd via een chip in elke soldaat in het kloonleger geïmplanteerd en, eenmaal geactiveerd, dwong de soldaten alle Jedi in hun omgeving te executeren. De Great Jedi Purge bracht een enorm aantal Jedi tot rust en maakte met hun dood een einde aan alle missies en mysteries die nog moesten worden voltooid.
Van alle Jedi die op die noodlottige dag vielen, leek er geen zo brutaal als de dood van Aayla Secura op de levendige planeet Felucia. Star Wars Episode III: Revenge of the Sith laat zien hoe de jonge Twi'lek wordt neergeschoten door haar kloonbataljon. Helaas, toen ze viel, werd ze afgeleid door een vogel en kon ze niet reageren. Het schot blijft echter nog een paar seconden hangen en laat zien dat de klonen op haar inerte lichaam blijven vuren. Er zijn veel vragen gerezen na haar vreselijke overlijden terwijl fans proberen te achterhalen waarom de klonen zo koelbloedig naar haar toe leken.
Net als haar meester, Quinlan Vos, koos Secura ervoor om haar eigen pad te bewandelen met aandacht voor de Jedi Order. Dit was te zien aan haar kledingkeuze en de manier waarop ze haar lichtzwaard hanteerde met een omgekeerde greep. Secura gaf veel om haar meester, die uniek sterk was in de Force. Veel theoretici geloven dat ze ook enorm machtig was in de Force. Als dit het geval was, zou de reden voor de klonen die haar neerschoten zijn geweest om ervoor te zorgen dat ze niet zou opstaan om enorme schade aan te richten met haar capaciteiten.
De meeste avonturen van Secura laten niet zien dat ze tijdens de Clone Wars enige enorme kracht in de Force gebruikt. Toch is het heel goed mogelijk dat haar capaciteiten zich nog niet volledig hadden gemanifesteerd. Als alternatief had haar kracht kunnen worden gekanaliseerd door haar vechtvaardigheid die gebruik maakte van lichtzwaardgevechten Form IV en Form V, en een overvloed aan acrobatiek en offensieve bewegingen met hoge snelheid.
Een andere theorie die werd gepresenteerd, hing nauw samen met Secura's relatie met haar kloonbataljon. Door de vele jaren die de Jedi met hun clone troopers doorbrachten, ontstonden er veel banden tussen de twee groepen. Enkele van de beste voorbeelden zijn Captain Rex en Ahsoka Tano of Commander Cody en Obi-Wan Kenobi. Met die logica hebben de klonen mogelijk voortdurend op Secura geschoten omdat ze zich de geschiedenis herinnerden die ze met haar deelden en ervoor wilden zorgen dat haar dood snel en pijnloos was. Als dat waar is, zou dat hun laatste optreden als clone troopers tot een van de meest barmhartige van de Purge maken.
Aayla Secura was een van de meest meelevende Jedi in de orde. Daarom wordt haar gewelddadige einde beschouwd als een van de meest brute van de Great Jedi Purge. De dood van Secura vertegenwoordigt ook de snelle en chirurgische verwoesting die de keizer van plan was te bereiken. Er is veel voor nodig om een Jedi te doden, en zelfs Anakin Skywalker in The Phantom Menace geloofde niet dat het mogelijk was om ze allemaal te verslaan. De keizer bewees echter dat hij ongelijk had door bijna elk van hen in één klap uit te roeien.
De dood van bijna elke Jedi kwam snel en gewelddadig. Tijdens het evenement waren enkele van de laatste gevoelens die de overlevende Force-gebruikers voelden verraad en pijn. Zelfs de dood van Secura reikte naar Yoda, die zich op dat moment op een heel andere planeet bevond. De exacte reden waarom de klonen zo vaak op Secura schoten, blijft een mysterie. Desalniettemin heeft dat mysterie fans in staat gesteld om opnieuw samen te komen om te speculeren over de vele andere mysteries in het Star Wars-universum.
