Seriesmakers Carter Bates en Craig Thomas wisten precies wat ze wilden Hoe ik je moeder heb ontmoet om te eindigen, zelfs het filmen van scènes met Ted's kinderen jaren voordat de show eindigde. Met deze uitdaging moesten Bates en Thomas de gaten tussen de pilot en de finale opvullen terwijl het einde intact bleef. Naarmate de serie groeide en de personages geëvolueerd, de vooraf geplande finale voelde zuur voor veel fans die de show vanaf het begin volgden, en er werd een petitie opgesteld waarin een herschrijving werd geëist.
De frustratie begon met de première van Hoe ik je moeder heb ontmoet is het laatste negende seizoen. De showrunners besloten met seizoen 9 een heel andere aanpak te kiezen; in plaats van het te laten spelen over een heel jaar van evenementen, was het gebaseerd op de drie dagen voorafgaand aan en inclusief Barney en Robin's bruiloft. Hoewel het seizoen gemengde beoordelingen kreeg van het publiek, was het de seriefinale die voor de grootste opschudding zorgde. De laatste twee afleveringen gingen de gebruikelijke sitcom-eindroute en lieten zien waar de cast in de toekomst zou zijn door fragmenten van hun leven te geven. Dit toonde ook aan dat Tracy McConnell, ook bekend als The Mother, stierf aan onbekende oorzaken. Toen de aflevering ten einde liep, zagen kijkers Ted en Tracy tijdens hun allereerste ontmoeting, in de aanloop naar Ted in 2030 die het langdradige verhaal van hoe hij haar ontmoette afrondde.
Daar stopt het verhaal echter niet. Rond het begin van seizoen 2 filmden Lyndsy Fonseca en Luke Henry - de acteurs die Luke en Penny Mosby speelden - de finalescènes om de tieneracteurs op leeftijd te houden toen het tijd was om de show af te ronden. Hierdoor, Hoe ik je moeder heb ontmoet eindigde met de kinderen die zich realiseerden dat het hele verhaal aan hen was verteld, zodat ze hun vader toestemming konden geven om met Robin te daten omdat hij verliefd op haar is. Ze gaven hem toestemming en de serie eindigt zoals het begon, met Ted die voor Robin's appartement staat, een blauwe tuba vasthoudt en haar vraagt hem een kans te geven.
De reden dat dit veel kijkers frustreerde, was omdat de serie meerdere keren zinspeelde dat Robin en Ted niet werken. Ze gingen slechts één seizoen met elkaar uit voordat ze het verbraken en probeerden vervolgens de relatie jaren later weer nieuw leven in te blazen, om opnieuw te beseffen dat ze beter af zijn uit elkaar. Veel fans eisten om deze reden en het feit dat de serie jaren besteedde aan het opbouwen van een veel beter liefdesverhaal met Barney en Robin dat harten deed smelten, terwijl de hele relatie van Ted en Robin slechts een bijzaak werd.
Het was pas bij de release van het alternatieve einde dat fans enigszins tevreden waren. Het snijdt de dood van de moeder en de scènes met de kinderen van Ted volledig weg. Het toont Ted op zijn bruiloft omringd door zijn vrienden met Ted's voice-over die de reis samenvat en zelfs zinspeelt op het feit dat Barney en Robin weer bij elkaar zullen komen terwijl het echte einde het publiek alleen een gedeeld knikje gaf. Dit alternatieve einde is het einde dat fans verdienden en moesten zien, en de meesten geloven dat het de ware is.
Hoe ik je moeder heb ontmoet was niet de eerste serie met een teleurstellend einde, en het was zeker niet de laatste, want er volgden de rampzalige finales van Game of Thrones en Bovennatuurlijk die tot op de dag van vandaag nog steeds worden opgejaagd voor een herschrijving van hun laatste seizoenen. Desondanks kan het publiek nog steeds genieten van de rit die is Hoe ik je moeder heb ontmoet, gezien ze het 'alternatieve einde' vinden om het af te maken met een bevredigende noot.
